1969年，余允抗进入美国加利福尼亚大学洛杉矶分校电影系就读。1974年，余允抗毕业并获得了电影学士学位。

1975年，余允抗从美国回到香港，担任导演胡金铨的助手，参与了《华工血泪史》的剧本创作。1976年，进入香港无线电视台“菲林组”任编导，执导过《CID》、《年轻人》、《黑色报告》、《国际刑警》等片集。

1978年，余允抗与严浩、于仁泰、陈欣健，在缤缤公司的支持下成立影力电影公司。1980年，与刘镇伟等人合组“世纪影业有限公司”；同年，拍摄了由周润发、余绮霞、白鹰等主演的犯罪喜剧片《师爸》，这是余允抗的导演处女作；随后又执导了由郑则仕、艾迪、庄静而等主演的惊悚电影《山狗》，由此获得关注。

1981年，执导了由秦祥林、余绮霞、岳华等主演的恐怖电影《凶榜》，影片讲述了学历低、技能少的张劲强在成为一幢大厦的保安后所遭遇的一些列恐怖事件的故事，余允抗在片中对各种恐怖元素进行了有价值的探索。

1982年，余允抗先是监制了由王晶编导的侦探喜剧片《贼王之王》；随后又监制了由唐基明执导的犯罪电影《杀出西营盘》和由张国荣、汤镇业等主演的爱情片《烈火青春》。

1984年，与刘镇伟等人将“世纪影业有限公司”改组为“五洲世纪影业有限公司”；随后，执导并监制了由郑则仕、王青、秦沛等主演的剧情片《马后炮》。

1985年，五洲世纪影业有限公司倒闭，余允抗自组了余允抗电影制作有限公司，并执导了由梅艳芳、黄沾、罗素等主演的爱情电影《歌舞升平》；同年，还执导了由石天、郑浩南、邓浩光等主演的动作喜剧片《飞虎奇兵》。

1986年，执导并监制了由刘家良、邓丽盈和郑浩南主演的恐怖电影《凶猫》，影片讲述了捉妖人与被唤醒的九命猫妖互斗的故事。

1988年，执导了由谷峰、关海山、梁小龙等主演的恐怖电影《猛鬼医院》。1989年，监制了由王钟执导，狄龙、吴耀汉、吕秀菱主演的动作电影《老虎出监》。1990年，余允抗退出影视圈，进入金融投资界。

2016年6月12日，余允抗应邀出席了电影《终极胜利》之“理想之夜·香港首映礼”。

余允抗是香港早期“新浪潮”电影时期的导演，以拍摄恐怖与惊悚鬼怪电影见长。余允抗的恐怖片，风格独特，虽然惊悚，但却并不是以血腥和凶杀等手法见长，相反在恐怖氛围的构造上，余允抗更善于掌握细节方面的东西，声音、色彩和环境的搭配是余氏恐怖片的标志，同时极力通过恐怖场景反映现实。阴森凶宅、诡异大厦、红衣冤魂、茅山大师等都成为港产鬼片中的文化符号。他的恐怖片多数是没有结局的，并不像很多传统的港式恐怖，最终妖魔鬼怪被降伏，人间恢复太平。