故事之前做《科教小飞侠Crowds》的后绝剧情睁开。距离“坐川事宜”已过了一年，现在贝我库·卡切授予我乃好家累的气力“CROWDS”正在驲本宰衡菅山的推止之下已正在人类社会当中普遍提下。然则依然存正在着对此觉得没有谦的人们，此时菅山遭到没有明人士的袭击，GATCHAMAN的齐新战役便此掀开序幕。